Deutschland hat sich mit der Unterzeichnung des Göteborg-Protokolls 1999 der Genfer Luftreinhaltekonvention sowie der europäischen Richtlinie 2001/81/EG des Europäischen Parlaments und Rates in 2001 (NEC-Richtlinie) dazu verpflichtet, eine nationale Höchstgrenze für die Emissionen von Ammoniak einzuhalten. Die Emissionsminderungsziele werden in der NEC-Richtlinie festgelegt, deren letzte Überarbeitung am 31.12.2016 in Kraft getreten ist. Mit der überarbeiteten NEC-Richtlinie wurde die Verpflichtungen zu einer prozentualen Minderung von Luftschadstoffen für das Jahr 2030 gegenüber dem Jahr 2005 für alle Mitgliedsstaaten vorgeschrieben. Deutschland verpflichtete sich zu einer 29%igen Minderung gegenüber dem Jahr 2005 für den Schadstoff Ammoniak. Im Zuge der Umsetzung der NEC-Richtlinie stellte die Bundesregierung ein Nationales Programm zur Luftreinhaltung auf, in dem die Minderungsmaßnahmen und deren Minderungspotentiale beschrieben wurden. Damit soll die Einhaltung der Verpflichtungen Deutschlands sichergestellt werden.
Beim Bau oder Umbau von Anlagen der Intensivtierhaltung muss oberhalb bestimmter Anlagengrößen ein Genehmigungsverfahren nach dem Bundesimmissionsschutzgesetz durchlaufen werden. Je nach Tierart und der geplanten Anzahl der Tierplätze – die in der vierten Verordnung zur Durchführung des Bundesimmissionsschutzgesetzes (4. BImSchV) festgelegt sind – ist dabei auch die Öffentlichkeit zu beteiligen. Die Anlagen müssen nach dem Stand der Technik errichtet und betrieben werden. Durch diese nationalen Regelungen wird unter anderem die europäische Industrieemissionsrichtlinie (IED-Richtlinie 2010/75/EG) umgesetzt. Das BVT-Merkblatt und die BVT-Schlussfolgerungen für Intensivtierhaltung sind Referenzdokumente für die Genehmigung von Tierhaltungsanlagen in den genannten Größenordnungen. Für die einzelnen Tierkategorien sind in den BVT-Schlussfolgerungen die zu den BVT gehörigen Bandbreiten für Ammoniakemissionen aus dem Stall verankert, die verbindlich einzuhaltende Emissionsgrenzwerte markieren. Die Grenzwerte können vom Anlagenbetreiber eingehalten werden durch die Anwendung von spezifischen Minderungstechniken für Stall, Lagerung und Ausbringung von Wirtschaftsdüngern. Diese Minderungstechniken sind für die jeweilige Tierkategorie in den BVT-Schlussfolgerungen gelistet. Die Umsetzung dieser Anforderungen zur Minderung von Ammoniakemissionen aus der Tierhaltung erfolgt in Deutschland in der Technischen Anleitung zur Reinhaltung der Luft (TA-Luft), einer Verwaltungsvorschrift im deutschen untergesetzlichen Regelwerk.
Gemäß IED-Richtlinie wird gegenwärtig noch geprüft, ob auch Anlagen zur Rinderhaltung europaweit in das ausführliche immissionsschutzrechtliche Genehmigungsverfahren einbezogen werden. Dieser Schritt ist aus Sicht des Umweltschutzes längst überfällig – immerhin verursachen Rinder einen erheblichen Teil der Ammoniak-Emissionen. Außerdem entstehen 92 Prozent der Methanemissionen durch Fermentation bei der Verdauung im Rinderbereich. Bisher muss in Deutschland für Rinderhaltungen mit mehr als 600 Tierplätzen lediglich ein vereinfachtes immissionsschutzrechtliches Genehmigungsverfahren (gemäß Spalte 2 der 4. BImSchV) ohne Beteiligung der Öffentlichkeit durchgeführt werden.
Des Weiteren müssen Betriebe der Geflügel- und Schweinehaltung, die unter die IED-Richtlinie fallen und einen festgelegten Emissionsschwellenwert (zum Beispiel für Ammoniak 10.000 kg/Jahr) überschreiten, beim Schadstofffreisetzungs- und -verbringungsregister PRTR (Pollutant Release and Transfer Register) gemeldet sein. Das PRTR wird vom Umweltbundesamt geführt und veröffentlicht. Deutschland setzte mit dem PRTR ein entsprechendes UN-Protokoll auf der Grundlage der Genfer Luftreinhaltekonvention um. Die EU hat dieses Protokoll ebenfalls ratifiziert und wird ein europäisches PRTR aufbauen, welches auch die deutschen Daten enthält.