Seit der Einführung der Wasserrahmenrichtlinie der Europäischen Union (EU) im Jahr 2000 bewerten Behörden in allen Mitgliedsstaaten der EU umfassend den ökologischen Zustand der Bäche und Flüsse. Sie orientieren sich dabei an der Ausprägung der gewässertypischen Lebensgemeinschaften. Beispielsweise treten im Hochgebirge andere aquatische Lebensgemeinschaften auf als im Flachland und auch ihre Empfindlichkeit gegenüber anthropogenen (vom Menschen verursachten) Einflüssen unterscheidet sich. Kennzeichnend für diese Unterschiede sind die geologischen und hydrologischen Charakteristika der Gewässer.
Die chemische Beschaffenheit der Fließgewässer wird durch punktuelle und diffuse Stoffeinträge verändert. Während Einträge aus Punktquellen wie Abwassereinleitungen von Klärwerken und Industrieanlagen in den letzten Jahren sanken, nahm die Bedeutung diffuser Stoffeinträge etwa durch Einträge aus der Landwirtschaft zu. Wenn Umweltqualitätsnormen (UQN) überschritten werden, sind zusätzliche Maßnahmen erforderlich.
