Der Zustand von Seen spiegelt sich im Wesentlichen in ihrem Nährstoffreichtum wider. Das Nährstoffangebot steuert die Trophie eines Sees, die ein Maß für die im See stattfindende Primärproduktion (Umsetzung von Nährstoffen in pflanzliche Biomasse) darstellt. Die Trophie ist das Hauptkriterium der Zustands- bzw. Potentialklassifizierung. Nährstoffarme Seen werden als oligotroph bezeichnet, nährstoffreiche als eutroph. Der trophische Zustand eines Sees wird durch Faktoren wie die Seebeckengestalt, die Hydrologie und die Nährstoffeinträge aus dem Einzugsgebiet beeinflusst. Diese Faktoren sind von der Zugehörigkeit des Sees zu einer der drei Haupt-Ökoregionen Deutschlands (Alpen und Alpenvorland, Mittelgebirge, Norddeutsches Tiefland) abhängig.
Die Zuordnung der Seen Deutschlands zu den drei Haupt-Ökoregionen Deutschlands (Alpen und Alpenvorland, Mittelgebirge, Norddeutsches Tiefland) erfolgt auf Grund ihrer klimatischen, geologischen und naturräumlichen Eigenschaften.