Viele Fungizide bauen sich nur sehr langsam ab, sodass nachfolgend angebaute Pflanzen sie aufnehmen können. Nicht nur wer einen Gartenteich besitzt, muss sich außerdem darüber im Klaren sein, dass viele Produkte bei unsachgemäßer Ausbringung Wasserpflanzen, Fische oder andere Gewässerorganismen schädigen oder töten können. Durch plötzlich aufkommenden Wind, der den Sprühnebel verweht, Verdunstung, Abschwemmungen in Hanglagen oder schlicht durch Versickern können Fungizide selbst bei sachgemäßer Anwendung einen deutlich größeren Wirkungskreis erlangen als beabsichtigt. Besonders brisant sind die genannten Punkte, da in der Natur nie nur einzelne Pflanzen- oder Tierarten von einer Pflanzenschutzmaßnahme betroffen sind, sondern sich alles in Kreisläufen vollzieht. Direkten Kontakt mit der Spritzbrühe – und damit je nach Mittel mit sogenannten persistenten, also schwer abbaubaren Wirkstoffen – haben in erster Linie Pflanzen und Insekten. Diese jedoch stehen erst am Anfang unterschiedlichster Nahrungsketten. Behandelte Pflanzen können, im Ganzen oder in Teilen, zum Beispiel von Mäusen oder Schnecken gefressen werden – und in deren Gewebe können sich einige – sogenannte bioakkumulierende – Wirkstoffe anreichern. Die Mäuse wiederum werden möglicherweise von Katzen erbeutet, die Schnecken von Igeln, Singvögeln oder im Freiland gehaltenen Hühnern. Auch Insekten, die überall im Garten präsent sind, bekommen beim Besprühen von Pflanzen zwangsläufig eine Portion ab – und damit auch alle Tiere, die sich von diesen Insekten ernähren, und wiederum anderen Tierarten als Beute dienen. Je weiter oben ein Tier in der Nahrungskette steht, desto höher ist die Wahrscheinlichkeit, dass es mit der Zeit größere Mengen verschiedener Wirkstoffe aufnimmt.
Die Bewertung zugelassener Fungizide bezieht sich zudem auf die sachgemäße Anwendung. Das bedeutet unter anderem, dass eine festgelegte, vom Hersteller angegebene Konzentration eingehalten werden muss, und das Mittel nur in bestimmten zeitlichen Abständen ausgebracht werden darf. Deshalb darf auch niemals nach dem Motto "Viel hilft viel" einfach munter drauflosgespritzt werden. In der Praxis sind allerdings immer wieder Fehlanwendungen festzustellen. Hinzu kommt: Die Wirkstoffmengen, die in einem einzigen Garten freigesetzt werden, mögen auf den ersten Blick gering scheinen. Doch da ein Garten ein offenes System ist, summieren sich die Einträge aus einer Million Kleingärten und rund 20 Millionen Hausgärten. Ob und ab welcher Konzentration sich verschiedene Wirkstoffe dann möglicherweise gegenseitig in ihrer Giftigkeit verstärken, das lässt sich aufgrund der Vielzahl möglicher Kombinationen auch im Rahmen der streng geregelten rechtlichen Zulassungsverfahren nur sehr begrenzt vorhersagen und abwägen. Prinzipiell werden Zulassungen für Fungizide nur nach eingehender Prüfung und Abwägen der Risiken erteilt. Danach sind sie in der Regel zehn Jahre lang gültig, ohne erneut überprüft zu werden. Die Bewertungskonzepte werden hingegen ständig weiterentwickelt. Es ist daher nicht auszuschließen, dass die eine oder andere Zulassung nach dem künftigen Stand von Wissenschaft und Technik nicht mehr erteilt würde.