Um die Gefahren für die Umwelt so gering wie möglich zu halten, dürfen nur zugelassene Düngemittel ausgebracht werden. Organische Reststoffdünger wie Kompost und Klärschlamm werden nach den Vorschriften der Düngemittelverordnung (DüMV) geregelt, außerdem müssen die Bioabfallverordnung (BioAbfV) bzw. die Klärschlammverordnung (AbfKlärV) beachtet werden. Ab dem 1. Januar 2015 gelten auch für organische Düngemittel die Grenzwerte der DüMV. Organische und mineralische Düngemittel dürfen generell nur in den Verkehr gebracht werden, wenn sie bei sachgerechter Anwendung ausreichend düngewirksam sind und die Fruchtbarkeit des Bodens, die Gesundheit von Menschen, Tieren und Pflanzen nicht schädigen und Ökosysteme nicht gefährden. Die Düngemittelverordnung stellt daher Mindestanforderungen hinsichtlich der Kennzeichnung, der Einhaltung von Grenzwerten bei Schadstoffen sowie hinsichtlich der Seuchen- und Phytohygiene. Da viele Schadstoffe jedoch nicht geregelt werden und Gefahren nicht einzuschätzen sind, wird in einigen Bundesländern schon heute gänzlich auf den Einsatz von Klärschlämmen verzichtet.
Der maximal zulässige Gehalt für Schadstoffe und Schwermetalle orientiert sich an den Vorsorgewerten der Bundesbodenschutz- und Altlastenverordnung. Die BioAbfV und die AbfKlärV geben weitere differenzierte Beschränkungen, Verbote und Auflagen bei der Ausbringung von Bioabfällen und Klärschlämmen auf landwirtschaftlich und gärtnerisch genutzten Böden.
Die Ausbringungsmengen von Bioabfällen und Klärschlämmen sind begrenzt. Innerhalb von drei Jahren dürfen beispielsweise maximal fünf Tonnen getrockneter Klärschlamm pro Hektar ausgebracht werden. Eine zeitgleiche Ausbringung von Düngemitteln mit Bioabfällen ist nicht zulässig.
Um die Übertragung von Krankheitserregern zu verhindern, ist der Einsatz von Klärschlamm im Ökologischen Landbau, auf Dauergrünland, im Forst sowie im Obst und Gemüsebau generell verboten.
Mit der novellierten Klärschlammverordnung (Verordnung zur Neuordnung der Klärschlammverwertung, AbfKlärV), die am 3. Oktober 2017 in Kraft getreten ist, wird die Pflicht zur Phosphorrückgewinnung aus Klärschlämmen, die nicht mehr landwirtschaftlich ausgebracht werden dürfen, geregelt. Alle Klärschlämme, die einen Phosphorgehalt von 20 Gramm oder mehr je Kilogramm Trockenmasse aufweisen müssen spätestens ab 2029 einer Phosphorrückgewinnung unterzogen werden. Die Rückgewinnung kann direkt auf der Kläranlage aus Klärschlamm oder Schlammwasser, aber auch aus Klärschlammasche nach der Monoverbrennung erfolgen. Dabei werden keine bestimmten Technologien zur Phosphorrückgewinnung vorgegeben. Eine bodenbezogene Verwertung von Klärschlämmen ist ab 2029 nur noch aus Abwasserbehandlungsanlagen mit einer Ausbaugröße von bis zu 100.000 Einwohnerwerten und ab dem Jahr 2032 nur noch aus Anlagen mit einer Ausbaugröße von bis zu 50.000 Einwohnerwerten zulässig.
Neben den gesetzlich vorgeschriebenen Anforderungen und Vorgaben bei der Verwertung von organischen Reststoffdüngemitteln müssen Landwirte, genau wie bei allen anderen Düngemitteln, die Grundsätze der Guten fachlichen Praxis nach der Düngeverordnung (DüV) einhalten.