Von den Küsten- und Übergangsgewässern der Nord- und Ostsee war 2021 kein einziges Gebiet (Wasserkörper) in „gutem“ oder „sehr gutem“ ökologischen Zustand. Damit wurde das Ziel der europäischen Wasserrahmenrichtlinie (WRRL, EU-RL 2000/60/EG) drastisch verfehlt, dass alle Gewässer bis 2015 mindestens in einem guten ökologischen Zustand sein müssen. Da dieses Ziel klar verfehlt wurde, gab es eine Fristverlängerung bis 2027 und es gilt den gemäß WRRL nächsten Bewirtschaftungszyklus zu nutzen, um bis dahin die anspruchsvollen Ziele zu erreichen.
Der Grund für das Verfehlen der Ziele ist vor allem der übermäßige Eintrag von Nährstoffen in die Küsten- und Übergangsgewässer (Eutrophierung). Diese stammen vorwiegend aus der Landwirtschaft, aus Kläranlagen und der Schifffahrt. Die Nährstoffe werden über Flüsse oder die Atmosphäre in die Meere eingetragen (siehe Indikatoren „Eutrophierung von Nord- und Ostsee durch Stickstoff“ und „Eutrophierung von Flüssen durch Phosphor“). Bislang ergriffene Maßnahmen greifen (noch) nicht im geforderten Maße. Um die Nährstoffeinträge so weit zu verringern, dass der gute Zustand erreicht werden kann, müssen die Anstrengungen deshalb deutlich verstärkt werden.
In beiden Meeren hat sich der Anteil „schlechter“ und „unbefriedigender“ Gebiete gegenüber 2015 erhöht. Dies lässt sich vor allem durch eine deutlich verbesserte Datenlage und geänderte Schwellenwerte für die Bewertung erklären. Real hat sich der Zustand kaum verschlechtert.