Das Verfahren zur Risikobewertung von Bioziden ist zweistufig gestaltet: Zunächst werden Wirkstoffe, die in Biozidprodukten verwendet werden, in einem EU-weiten Verfahren geprüft und anschließend in eine Positiv-Liste (Unionsliste genehmigter Wirkstoffe) aufgenommen. Erst danach können Zulassungsanträge für Produkte gestellt werden, die diese bereits bewerteten und genehmigten Wirkstoffe enthalten. Die Zulassung von Biozidprodukten erfolgt national und kann über das Verfahren der gegenseitigen Anerkennung auch in andere EU-Mitgliedstaaten übertragen werden. Für bestimmte Biozidprodukte, die in allen Mitgliedstaaten ähnliche Verwendungsbedingungen aufweisen, kann eine unionsweite Zulassung beantragt werden.
Das Zulassungsverfahren für Biozide wird von der ECHA, der Europäischen Chemikalienagentur mit Sitz in Helsinki (Finnland), koordiniert.
Ergibt die Bewertung ein unannehmbares Risiko für Mensch oder Umwelt, können Auflagen und Bedingungen für die Anwendung festgelegt werden, um das Risiko negativer Auswirkungen zu minimieren. Gibt es für eine betrachtete Anwendung keine sinnvollen und umsetzbaren Risikominderungsmaßnahmen, kann der Wirkstoff in der betreffenden Produktart nicht genehmigt beziehungsweise das Produkt nicht zugelassen wird.
Jeder Mitgliedstaat hat eine Zulassungsstelle, die die Genehmigung von bioziden Wirkstoffen und das Zulassungsverfahren für Biozidprodukte auf nationaler Ebene koordiniert. In Deutschland ist dies die Bundesstelle für Chemikalien (BfC) als Fachbereich der Bundesanstalt für Arbeitsschutz und Arbeitsmedizin (BAuA) in Dortmund. Im Gesetz zum Schutz vor gefährlichen Stoffen (Chemikaliengesetz, ChemG) sind die Zuständigkeiten der nationalen Umsetzung der Biozidverordnung in Deutschland im Paragraph 12a-h geregelt. Unter anderem ist hierin geregelt, welche Behörden am Vollzug der Biozid-Verordnung beteiligt sind und welche Aufgaben diese im Verfahren haben. Die BfC prüft im Wirkstoff- sowie Produktzulassungsverfahren im Einvernehmen mit folgenden Behörden die Zulassungsvoraussetzungen:
• Umweltbundesamt (UBA) – Schutz der Umwelt
• Bundesinstitut für Risikobewertung (BfR) – Verbraucherschutz
• Bundesanstalt für Arbeitsschutz und Arbeitsmedizin (BAuA) – Fachbereich Arbeitsschutz.
Bei besonderen Fragestellungen (zum Beispiel zur Wirksamkeit bestimmter Stoffe) können weitere Behörden in das Zulassungsverfahren einbezogen werden, zum Beispiel die Bundesanstalt für Materialschutz und -prüfung (BAM), das Robert Koch-Institut (RKI) oder das Julius-Kühn-Institut (JKI).
Das Umweltbundesamt in seiner Funktion als Einvernehmens-Behörde fungiert als Bewertungsstelle für die Umwelt und ist somit verantwortlich für die Prüfung möglicher Umweltauswirkungen von Bioziden. Für bestimmte Produktarten (Rodentizide, Insektizide, Repellentien und Trinkwasser-Desinfektionsmittel) ist das UBA auch für die Wirksamkeitsprüfung verantwortlich.
Neben dem ChemG regelt auch die Biozid-Zulassungsverordnung (ChemBiozidZulV) Aspekte der Produktzulassung. So legt Paragraph 4 fest, dass in Deutschland Biozidprodukte der Produktarten 15 (Mittel zur Bekämpfung von Vögeln), 17 (Fischbekämpfungsmittel) und 20 (Produkte gegen sonstige Wirbeltiere, z.B. Maulwürfe) in Deutschland weder registriert noch zugelassen werden dürfen, auch nicht im Rahmen der gegenseitigen Anerkennung.