Pflanzen können auf vielfältige Weise durch reaktiven Stickstoff geschädigt werden:
- Die Beeinträchtigung der Gesundheit von Pflanzen reicht von Blatt- und Nadelschäden (Gewebezerstörungen und Verfärbungen) bis hin zur Verätzung von Feinwurzeln. Auch chronische Veränderungen des Wuchses sind möglich. In der Folge werden die Photosynthese und andere Stoffwechselprozesse gestört.
- Bei Gehölzen können sich die Zusammensetzung des Holzes und damit seine Widerstandskraft und Qualität ändern. Folgen können eine erhöhte Frostanfälligkeit und zunehmende Brüche sein.
- Die mit vielen Pflanzen in Symbiose lebenden Mykorrhiza-Pilze reagieren ebenfalls empfindlich auf Stickstoffüberschuss. Das stört die Symbiose und verringert den gegenseitigen Nutzen.
All dies kann soweit führen, dass stickstoffliebende Pflanzen empfindlichere Arten verdrängen. Die betroffenen Pflanzengemeinschaften verändern sich und verarmen. Die biologische Vielfalt nimmt ab.