Nitrate
Pflanzen können Stickstoff mit ihren Wurzeln vor allem als Nitrat und Ammonium aufnehmen. Mineraldünger sind auf diese Bedürfnisse zugeschnitten, die Pflanzen können sie leicht aufnehmen. Bei Wirtschaftsdüngern ist das anders. Zwar ist das darin enthaltene Ammoniumnitrat für Pflanzen leicht verfügbar. Der organisch gebundene Stickstoff aber, der in Pflanzenresten oder tierischen Ausscheidungen steckt, muss von Destruenten und Mikroorganismen erst aufwändig zu Ammonium oder Nitrat verarbeitet werden, bevor Pflanzen ihn nutzen können.
Ist mehr reaktiver Stickstoff im Boden, als die Pflanzen aufnehmen können, wird dieser in Form von Nitrat ins Grundwasser ausgewaschen und gelangt von dort in Flüsse, Bäche oder Seen. Oberirdisch spülen Regen und Wind stickstoffhaltige Stoffe in die Gewässer. Die Landwirtschaft verursacht so insgesamt rund drei Viertel des Stickstoffeintrags in Flüsse, Bäche, Seen und Meere in Deutschland.