Auch das Grundwasser gehört zu den Ökosystemen, die durch den Stickstoffüberschuss beeinträchtigt werden. In Deutschland ist es der wichtigste Lieferant von Trinkwasser. Doch für Trinkwasser gelten strenge Nitrat-Grenzwerte zum Schutz der menschlichen Gesundheit. Ist also zu viel Nitrat im Grundwasser, muss es aufwändig aufbereitet werden, bevor es als Trinkwasser in die Wasserleitungen kommen kann.
Auch kam es schon vor, dass die Nitrat-Belastung einzelner Grundwasservorkommen so hoch war, dass sie aufgegeben und neue, tiefer liegende Grundwasservorräte erschlossen werden mussten. Diese Ausweichstrategie kostet Geld, ebenso wie die biologische oder physikalisch-chemische Aufbereitung des Grundwassers.
Auch kann nicht unbegrenzt ausgewichen werden. Welche Zusatzkosten den Wasserversorgern in Deutschland entstehen, wenn ein Ausweichen nicht mehr möglich ist, wurde nun erstmals abgeschätzt: Sie liegen im dreistelligen Millionenbereich. Die Wasserrechnung einer Familie mit vier Personen stiege unter diesen Bedingungen um 32 bis 45 % beziehungsweise um bis zu 134 Euro im Jahr.
Um also künftig auf teure Aufbereitungsmaßnahmen verzichten zu können, sollten jetzt konsequent Maßnahmen zur Reduzierung der Nitratbelastung und zum vorsorgenden Gewässerschutz ergriffen werden. Trotzdem ist absehbar, dass das Trinkwasser in den besonders belasteten Regionen erst einmal teurer wird oder teuer bleibt. Denn es dauert je nach Beschaffenheit des Gesteins Jahre bis Jahrzehnte, bis Niederschlagswasser vom Boden durch die wasserungesättigten Deckschichten bis ins Grundwasser gesickert ist. Wird also beispielsweise heute weniger Dünger ausgebracht, verbessert dies die Grundwasserqualität erst in Zukunft.