Stickstoff kann im Boden in unterschiedlichen Formen vorliegen. In der Ammoniumform (NH4) ist er zunächst an Bodenpartikel gebunden. Im Laufe der Zeit wird er jedoch durch Bodenmikroorganismen in Nitrat (NO3) umgewandelt. Nitrat ist im Boden sehr mobil und kann insbesondere im Herbst nach der Ernte und bei starken Niederschlägen mit dem Sickerwasser in das Grundwasser verlagert werden. Im Grundwasser – und in der Folge dann im Trinkwasser – kann Nitrat unter bestimmten Bedingungen in das gesundheitlich bedenkliche Nitrit umgewandelt werden. Der Grenzwert für Nitrat im Trinkwasser wurde deshalb 1991 EU-weit auf 50 mg/l festgesetzt. Die letzte Erhebung der Grundwasserqualität nach EU-Wasserrahmenrichtlinie hat 2021 ergeben, dass sich 32,7 Prozent der Grundwasserkörper in einem schlechten chemischen Zustand befinden. Als Hauptursache dafür sind diffuse Belastungen durch Nitrat zu nennen (22 Prozent aller Grundwasserkörper). Hauptquellen sind Stickstoffüberschüsse durch Düngung, Fütterung proteinhaltiger Konzentrate und die Mineralisation organischer Substanz. Auch beim Grünlandumbruch werden in kurzer Zeit durch Mineralisation der organischen Bodensubstanz große Nitratmengen freigesetzt. In einigen Regionen Deutschlands, insbesondere in den Viehhaltungsregionen Nordwestdeutschlands, wo große Mengen an tierischen Wirtschaftsdüngern anfallen, wird dieser Grenzwert zum Teil erheblich überschritten. Grund hierfür ist häufig ein unsachgemäßer, also zeitlich und mengenmäßig nicht an den Pflanzenbedarf angepasster Einsatz von Wirtschaftsdüngern. Verstärkt wird diese Situation durch den in den letzten Jahren durch das Erneuerbare-Energie-Gesetz (EEG) forcierten Zuwachs an Biogasanlagen in den Viehhaltungsregionen. Diese verwenden neben einem geringen Anteil an Wirtschaftsdüngern vor allem Mais als Gärsubstrat für die Stromerzeugung, was zur Folge hat, dass die für die Tierhaltung benötigten Futtermittel zunehmend importiert werden. Die anfallenden Gärreste sind reich an Nährstoffen und werden zusätzlich zu den ohnehin anfallenden Wirtschaftsdüngern auf die Felder ausgebracht.
Große Mengen an Stickstoffverbindungen aus der Landwirtschaft gelangen mit dem Grundwasser und aus Abschwemmungen von landwirtschaftlich genutzten Flächen in die Oberflächengewässer. In Flüssen, Seen und Meeren kommt es dadurch zu überhöhten Nährstoffgehalten, die zur Eutrophierung der betroffenen Gewässer führen. Eine Überversorgung mit Stickstoff führt im Gewässer zu einer Steigerung der pflanzlichen Primärproduktion, zum Beispiel von Algen. Das wiederum kann zu erheblichem Sauerstoffmangel im Gewässer und zu lebensfeindlichen Bedingungen für Tiere und Pflanzen führen. Die Wirkung, die eine übermäßige Stickstoffzufuhr auf Oberflächengewässer hat, hängt jedoch auch von anderen wachstumsbegrenzenden Nährstoffen wie zum Beispiel Phosphor ab. Das Verhältnis von Stickstoff und Phosphor ist entscheidend für die Wachstumsbedingungen von Pflanzen. Das natürliche, biologische Verhältnis von 16 (Stickstoff):1 (Phosphor) in Gewässern hat sich aufgrund der hohen Stickstoffeinträge zu Gunsten des Stickstoffs verschoben. Während in Meeren Stickstoff der wachstumsbegrenzende Faktor und damit entscheidend für Nährstoffwirkungen ist, kann in den meisten Flüssen, Seen und Küstengewässern Phosphor (entstammt zu einem großen Teil der Landwirtschaft) für das übermäßige Pflanzenwachstum verantwortlich gemacht werden. Sauerstoffmangel und die Verdrängung ursprünglicher Pflanzen und Tiere, die an die neuen Lebensbedingungen weniger gut angepasst sind, führen zu einem Verlust der Artenvielfalt in den Gewässern.
In naturnahen, terrestrischen (Wald-)Ökosysteme kann eine Überversorgung mit Stickstoff (Eutrophierung) langfristig negative Auswirkungen auf die Vegetation und die Artenzusammensetzung haben. Pflanzen und Tiere, die an nährstoffarme Lebensbedingungen angepasst sind, können durch stickstoffliebende Arten die sich dann stärker ausbreiten, verdrängt werden. In der Folge kann es zu einer Vereinheitlichung der Vegetation und zu einem Rückgang der biologischen Vielfalt kommen.
Weiterhin verursacht die Stickstoffüberdüngung bei Kulturpflanzen und Bäumen ein übermäßiges Wachstum in die Länge und weiche, schwammige Triebe, Zellen und Gewebe. Sie werden anfälliger gegenüber Frost und Hitze, die Lagerfähigkeit der Ernteprodukte nimmt ab und Pflanzenschädlinge sowie Bakterien- und Pilzkrankheiten können sich leichter ausbreiten. Ertragseinbußen bei landwirtschaftlichen Kulturpflanzen und Windbruchschäden in Wäldern können folgen.
Auswirkungen auf die Luftqualität
Der Anteil des in Wirtschaftsdüngern enthaltenen Ammoniums (NH4) am Gesamtstickstoff (N) beträgt bei Stallmist rund 15 Prozent, bei Gülle etwa 60 Prozent und bei Jauche nahezu 95 Prozent. Bei der Lagerung und Ausbringung der Wirtschaftsdünger wird das Ammonium zu Ammoniak (NH3) umgewandelt und kann in die Atmosphäre entweichen. Ammoniak emittiert zudem aus großen landwirtschaftlichen Tierhaltungsanlagen. Bei den synthetischen Stickstoffdüngern kann insbesondere bei der Anwendung von ammoniumbildenden Harnstoffdüngern bzw. ammoniumhaltiger AHL-Lösung größere Mengen an Ammoniak entweichen – bis zu 15 Prozent des Gesamt-Stickstoff-Gehalts.
Die Höhe der Ammoniakverluste bei der Ausbringung hängt von zahlreichen Boden- und Wetterbedingungen ab. Ein hoher pH-Wert, eine geringe Pufferkapazität, geringe Bodenfeuchte, hohe Temperaturen und Wind begünstigen die Ammoniakausgasung. Um diese zu reduzieren beziehungsweise zu vermeiden enthält die in 2020 novellierte Düngeverordnung (DüV) eine Reihe von Anforderungen zur vorschriftsmäßigen Ausbringung von Wirtschaftsdüngern bzw. Harnstoffdüngern. Wirtschaftsdünger müssen beispielsweise auf unbestelltem Ackerland unverzüglich und spätestens innerhalb von vier Stunden nach der Ausbringung in den Boden eingearbeitet werden. Die Ausbringung von flüssigen Wirtschaftsdüngern ist zudem auf bestelltem Ackerland ab 2020 und auf Grünland ab 2025 nur noch mit emissionsarmer Ausbringtechnik (Schleppschlauch, Schleppschuh, Injektionsverfahren) erlaubt. Harnstoffdünger dürfen ab 2020 nur noch ausgebracht werden, wenn ihnen ein Ureaseinhibitor zugesetzt wurde oder wenn sie spätestens innerhalb von vier Stunden eingearbeitet werden.
Ammoniak ist Vorläuferstoff für gesundheitsschädigende sekundäre Feinstäube. Zum anderen wirkt Ammoniak schädigend in angrenzenden Ökosystemen. Moose und Flechten beispielsweise reagieren schon bei geringen atmosphärischen Konzentrationen von Ammoniak mit Veränderungen in ihrer Artenzusammensetzung. Die Ablagerung von Ammoniak in empfindlichen Ökosystemen kann zu Risiken für die Biodiversität führen.
Auswirkungen auf das Klima
Lachgas (N2O) ist ein hochwirksames Treibhausgas, dessen Klimawirksamkeit 265-mal so stark ist wie die von Kohlendioxid (CO2). Die Landwirtschaft ist für rund 80 Prozent der Lachgasemissionen in Deutschland verantwortlich. Die wesentliche Quelle der N2O-Emissionen sind die Emissionen aus landwirtschaftlich genutzten Böden. Die Höhe dieser Emissionen wird dabei maßgeblich durch das Stickstoffmanagement bestimmt: Die Ausbringung von organischen und mineralischen Düngemitteln sowie die Einarbeitung von Ernteresten. Die entscheidenden Faktoren sind dabei die Höhe des N-Eintrages und die Standortfaktoren wie Bodeneigenschaften und Witterung. Neben den direkten Lachgasemissionen aus der Stickstoffdüngung kommt es noch zu indirekten N2O-Emissionen, die durch den Austrag von Nitrat und Ammoniak in andere Ökosysteme verursacht werden.
Auswirkungen auf den Boden
Eine unsachgemäße, überhöhte Düngemittelgabe insbesondere von sauren Düngemitteln (wie zum Beispiel Ammoniumsulfat) kann zu einer beschleunigten Bodenversauerung beitragen. Das bei der Nitrifikation entstehende Nitrat (NO3) ist besonders mobil. Wird es nicht von den Pflanzen aufgenommen, sondern in das Grundwasser ausgewaschen (Basenauswaschung), beschleunigt sich die Bodenversauerung. Damit verbunden sind gleichzeitig Veränderungen der Bodenstruktur und der Lebensbedingungen für Bodenmikroorganismen. In der Folge kann dies Einfluss auf die Bodenfruchtbarkeit und auf die Erträge und die Qualität der pflanzlichen Produkte haben. Mineraldünger, insbesondere Phosphatdünger, aber auch organische Reststoffdünger wie Klärschlämme enthalten darüber hinaus Schwermetalle (vor allem Uran und Cadmium).