Der Anteil der Seen in gutem oder sehr gutem ökologischem Zustand ist deutlich höher als bei anderen Gewässertypen: 2021 waren 22,7 % der Seen in gutem und 2,0 % in sehr gutem ökologischen Zustand oder Potenzial. Das sich die Werte gegenüber dem Jahr 2015 leicht verschlechterten, liegt vor allem an einer der Erweiterung des Monitorings. Der reale Zustand der Seen ist insgesamt jedoch relativ konstant geblieben.
Deutschland ist noch weit von den Zielen der europäischen Wasserrahmenrichtlinie (WRRL, EU-RL 2000/60/EG) entfernt. Nach dieser sollten bis zum Jahr 2015 alle Gewässer mindestens in einem guten Zustand sein. Da dieses Ziel verfehlt wurde, gilt es nun den nächsten, gemäß WRRL noch folgenden, Bewirtschaftungszyklus zu nutzen, um die anspruchsvollen Ziele bis spätestens 2027 zu erreichen. Die Bundesländer erstellen Bewirtschaftungspläne, in denen Maßnahmen zur Verbesserung der Gewässerqualität festgelegt werden.
Problematisch für den Zustand vieler Seen sind vor allem die hohen landwirtschaftlichen Nährstoffüberschüsse (siehe Indikator „Stickstoffüberschuss der Landwirtschaft“).