Aufgrund der vielfältigen Einsatzmöglichkeiten, der hohen Verbrauchsmengen und der Stabilität können PFC auch bis ins Trinkwasser vordringen. Daher wurden auf toxikologischen Studien basierende gesundheitliche Orientierungswerte oder Leitwerte abgeleitet. Prinzipiell nimmt das toxikologische Potenzial bei den Carbon- und Sulfonsäuren mit zunehmender Kettenlänge zu.
In der aktuellen Trinkwasserverordnung sind keine gesetzlichen Grenzwerte vorgegeben. Für die Novellierung der europäischen Trinkwasserrichtlinie sind aber aktuell unterschiedliche Grenzwerte (für Einzelsubstanzen oder für Stoffsummen)l in der Diskussion.
Technisch kann eine sichere Trinkwasserversorgung durch zusätzliche Aufbereitungsstufen (zum Beispiel Adsorption) oder durch Ausweichen auf unbeeinträchtigte Ressourcen gewährleistet werden.