Das Umweltbundesamt rät von einer Behandlung durchnässter Räume mit Desinfektionsmitteln ab, da das Hochwasser nicht nur Fäkalien sondern eine Vielzahl chemischer Stoffe enthalten kann, die gegebenenfalls mit Desinfektionsmitteln reagieren. Wichtiger ist jedoch, dass bei durchnässten Materialien die Desinfektion nicht wirksam ist, da nicht alle Mikroorganismen erreicht werden. Zudem gehen auch von toten Schimmelpilzsporen gesundheitliche Gefahren aus. Deshalb sollten alle mit Schimmel befallenen Materialien (zum Beispiel Holz, Tapeten, Putz) aus den durchfeuchteten Gebäudeteilen entfernt werden.