PFOS⁠ wurde als prioritär gefährlicher ⁠Stoff⁠ eingestuft (UQN-RL 2008/105/EG). Für diese Stoffe sind wirksame Maßnahmen am Ursprung der Verschmutzung zu ergreifen, um Einträge in Gewässer zu beenden oder schrittweise einzustellen. Das erfolgte europaweit 2009 durch die Aufnahme von ⁠PFOS⁠ in die ⁠EU POP-Verordnung⁠. Weitere ⁠PFAS⁠ sollen zukünftig als prioritäre Stoffe in der UQN-RL geregelt werden.. 

Die WRRL schreibt vor, Gewässer so zu bewirtschaften, dass eine Verschlechterung ihres ökologischen und chemischen Zustands vermieden und ein guter ökologischer und chemischer Zustand erhalten oder erreicht werden. Ein ansteigender Trend in Gewässern, der zu einer Verschlechterung des Zustands führt, ist wegen des Verschlechterungsverbots (§ 27Wasserhaushaltsgesetz (WHG)) nicht zulässig. Der chemische Zustand wird durch die Überwachung der ⁠Umweltqualitätsnorm⁠ (UQN) überprüft. UQN werden in Abhängigkeit von den Stoffeigenschaften und dem Verhalten in Gewässern für die Wasserphase, Sediment, Schwebstoffe und Biota definiert. Die Matrix, von der das empfindlichste Schutzgut betroffen ist, wird zur Bewertung herangezogen. Für PFOS ist das der Schutz der menschlichen Gesundheit, also der Schutz vor gesundheitsschädlichen Auswirkungen beim Verzehr von mit PFOS belasteten Fischen.

Für PFOS wurde wegen der hohen Bioakkumulation eine UQN in Fischen (Biota) von 9,1 μg/kg Nassgewicht abgeleitet. Wird dieser Wert überschritten, sind Maßnahmen zur Emissionsminderung erforderlich. Ist eine Überwachung von Fischen nicht möglich, zum Beispiel weil nicht ausreichend Tiere gefangen werden können, können ersatzweise die Jahresdurchschnittsnormen (JD-UQN) in der Wasserphase zur Bewertung genutzt werden. Diese betragen 0,00065 µg/l für oberirdische Binnengewässer und 0,00013 µg/l für die Übergangs- und Küstengewässer. Als zulässige Höchstkonzentration (ZHK-UQN) sind 36 µg/l für die Binnen- und 7,2 µg/l für die Übergangs- und Küstengewässer festgelegt. Die Ableitung der Umweltqualitätsnormen erfolgt nach dem Technical Guidance Document for Deriving Envionmental Quality Standards No 27 der Common Implementation Strategy der WRRL.