Neben ihrer wichtigen Funktion im nachsorgenden Umweltschutz bergen biotechnische Verfahren auch erhebliche Potenziale im produktionsintegrierten Umweltschutz. Diese Potenziale werden zurzeit aber noch nicht ausgeschöpft, weil biotechnische Verfahren in industriellen Produktionsprozessen erst selten zum Einsatz kommen. Für Unternehmen stellen Umweltschonung und ⁠Nachhaltigkeit⁠ zwar erwünschte,aber keine hinreichenden Anreize dar, um konventionelle Verfahrensschritte  durch biotechnische zu ersetzen. Häufig sind biotechnische Verfahren schon allein deshalb ökonomisch nicht interessant, weil ihre direkten Kosten höher sind als bei konventionellen Verfahren. Hieran haben allein die Substratkosten oft einen erheblichen Anteil.