Vor allem große Anlagen können das ökologische Gleichgewicht stören, und zwar umso mehr, je stärker der betroffene Grundwasserleiter bereits mit organischen Verbindungen, Nährstoffen oder Schwermetallen vorbelastet ist. Hier kann bereits eine geringe Temperaturerhöhung die Wasserqualität negativ beeinflussen, weil Sauerstoff knapp wird oder Schadstoffe mobilisiert werden. Für solche Standorte raten die Gutachter, bereits im Zuge des Zulassungsverfahrens die thermischen Auswirkungen der Anlage abzuschätzen und ein begleitendes ⁠Monitoring⁠ durchzuführen. Unterirdische Temperatur-Raumnutzungspläne könnten helfen, den Ausbau der Geothermie grundwasserschonend zu steuern. Was Krankheitserreger angeht, gibt die Studie Entwarnung: Sie entwickeln sich bei Erwärmung des Grundwassers sogar schlechter.