Die KLU teilt die Auffassung und die Begründung der EU-Kommission, dass die sich derzeit abzeichnende „moderate“ Novellierung der DüV nicht ausreichen wird, um den flächendeckenden „guten Zustand“ der Gewässer zu erreichen. Sie empfiehlt eine Senkung der Stickstoffüberschüsse, die Einführung der Hoftor-Bilanz, verlängerte Sperrfrist und größere Lagerkapazität für Wirtschaftsdünger, verschärfte Regelungen für Phosphat sowie ⁠Gewässerrandstreifen⁠ ohne Düngung und Pflanzenschutz. Die KLU lehnt eine sogenannte Ausnahmeregelung für Biogasgärreste (d. h. keine Erhöhung der zulässigen Ausbringungsmenge auf 230 kg N/ha auf Antrag) ab. Dafür sollen bauliche Anforderungen an Lagerstätten für Jauche, Gülle und Silage-Sickersäfte (sog. JGS-Anlagen) bundeseinheitlich geregelt und der Vollzug der DüV insgesamt verschärft und mit Sanktionen bewehrt werden.

Die Düngeverordnung und die Bestimmungen über JGS-Anlagen (derzeit noch Länderangelegenheit) gelten als nationales Maßnahmenprogramm zur Umsetzung der Nitrat-Richtlinie. Sie sind die entscheidenden Instrumente zum Schutz der Gewässer (einschließlich der Meere) gegen Nährstoffeinträge und dadurch verursachte Eutrophie-Erscheinungen wie Algenteppiche und toxische Cyano-Bakterien.