Um einen guten mengenmäßigen Zustand des Grundwassers zu gewährleisten, müssen die zulässigen Entnahmen deutlich unter der Neubildungsrate liegen. Denn würde man so viel Wasser entnehmen, wie zufließt, käme es durch den unvermeidbaren natürlichen ⁠Abfluss⁠ zu einer Senkung des Grundwasserspiegels und zu einer Minderung der Wassermenge, die in Oberflächengewässer und Feuchtgebiete strömt. Insgesamt gibt es bisher in Deutschland nur wenige Grundwasserkörper, die im langjährigen Mittel übermäßig genutzt werden.

Das wichtigste Kriterium zur Beurteilung des guten mengenmäßigen Zustands eines Grundwasserkörpers ist der Grundwasserspiegel. Hierfür sind mehrere Bedingungen einzuhalten: Die natürliche Neubildung der verfügbaren Grundwasserressource darf nicht durch die langfristige mittlere jährliche Grundwasserentnahme überschritten werden. Das heißt der Grundwasserspiegel darf langfristig nicht absinken. Der Grundwasserspiegel darf keinen von Menschen verursachten Veränderungen unterliegen, die dazu führen, dass die ökologischen Ziele in Oberflächengewässern, die mit dem Grundwasser in Verbindung stehen, verfehlt werden. Auch Landökosysteme, die unmittelbar vom Grundwasserkörper abhängen, dürfen nicht signifikant geschädigt werden und es darf nicht zu einem Zustrom von Salzwasser oder sonstigen Zuströmen (Intrusionen) ins Grundwasser kommen.

Von allen 1291 Grundwasserkörpern verfehlen aktuell lediglich 62 GWK (4,8 Prozent) den guten mengenmäßigen Zustand. Grundwasserkörper in einem schlechten mengenmäßigen Zustand finden sich in den Flussgebieten Donau, Elbe, Maas, Oder, Rhein, und Warnow/Peene. Fünf Grundwasserkörper des Flussgebietes Warnow/Peene sind aufgrund von Salzwasserintrusionen aus der Ostsee und den Boddengewässern sowie durch den Zufluss von Tiefenwässern im mengenmäßig schlechten Zustand. Diese empfindlichen hydrogeologischen Systeme bedürfen einer besonderen Bewirtschaftung des Grundwassers, um Salzwasserzuflüsse zu vermeiden. In den Flussgebieten Elbe, Maas, Oder und Rhein ist der schlechte mengenmäßige Zustand häufig eine Folge des Bergbaus – vorwiegend des Abbaus von Braunkohle, der hier seit vielen Jahrzehnten aktiv betrieben wird oder wurde. In diesen Regionen wurde oft über viele Jahrzehnte der Grundwasserspiegel stark abgesenkt. Selbst nach Beendigung des Bergbaus wird es Jahrzehnte dauern, bis sich der natürliche Grundwasserspiegel wiedereinstellt.