Der Emissionshandel für den Luftverkehr beginnt 2012; doch bereits für 2010 müssen Luftfahrzeugbetreiber ihre jährlichen Emissionen und Transportdaten erfassen und der DEHSt berichten. Grundlage hierfür sind die Monitoringkonzepte, die bis zum 20.10.2009 einzureichen waren und nun vom Umweltbundesamt geprüft und genehmigt werden. Nach der Verwaltungsmitgliedsstaatenliste der Europäischen Kommission ist die DEHSt für insgesamt 326 Luftfahrzeugbetreiber zuständig. Bei der DEHSt haben bisher 135 Luftfahrzeugbetreiber Monitoringkonzepte eingereicht; darunter sämtliche größeren Fluggesellschaften. Luftfahrzeugbetreiber können sich von ihren Pflichten zur Abgabe von Monitoringkonzepten und Berichten befreien lassen, wenn sie die Voraussetzungen erfüllen, die die Datenerhebungsverordnung 2020 (DEV 2020) vorgibt. Dies ist z. B. der Fall, wenn das höchstzulässige Startgewicht der Maschine unter einem bestimmten Schwellenwert liegt. Die DEHSt hat bisher 56 solcher Befreiungsanträge erhalten.

Wer bisher weder ein Monitoringkonzept noch einen Befreiungsantrag eingereicht hat, ist weiterhin in der Pflicht: Denn am Emissionshandel teilnehmen müssen grundsätzlich alle Betreiber, deren Luftfahrzeuge im Hoheitsgebiet der Europäischen Union starten oder landen. Das gilt sowohl für gewerbliche Airlines als auch für Betreiber privater Maschinen und Businessjets. Diesen Betreibern hat die DEHSt daher, wie in der Datenerhebungsverordnung 2020 vorgesehen, Nachfristen gesetzt.

Die Deutsche Emissionshandelsstelle (DEHSt) im Umweltbundesamt ist die zuständige nationale Behörde in Deutschland für die Umsetzung des europaweiten Emissionshandels für stationäre Anlagen ebenso wie für den Luftverkehr. Zu ihren Aufgaben gehören die Zuteilung und Ausgabe der Emissionsberechtigungen, die Prüfung der Emissionsberichte sowie die Führung des Emissionshandelsregisters.