Ein Förderbereich der europäischen Strukturpolitik ist die Europäische territoriale Zusammenarbeit ETZ (früher: Gemeinschaftsinitiative INTERREG) - die Zusammenarbeit der Regionen Europas in gemeinsamen Programmen, Projekten und Netzwerken, um voneinander zu lernen und zu einer ausgewogenen und nachhaltigen Entwicklung der Gemeinschaft beizutragen. Im Programmzeitraum 2007-2013 wird die ETZ aus Mitteln des Europäischen Regionalentwicklungsfonds EFRE mit 8,7 Mrd. €, das entspricht 2,5% der Strukturfondsmittel, gefördert und umfasst drei regional verschiedene Programmtypen:

• 13 transnationale Kooperationsprogramme
•  (INTERREG IV B)
  Deutschland ist in den Programmräumen Ostsee, Nordwesteuropa, Nordsee, Mitteleuropa und Alpen jeweils zu Teilen vertreten. Das Umweltbundesamt ist Leadpartner in drei laufenden Projekten SPIN (Programmraum Ostsee, Act Clean (Programmraum Mitteleuropa) und COHIBA (Programmraum Ostsee).
• 52 grenzüberschreitende (cross-border) Kooperationsprogramme (INTERREG IV A) und
• die interregionale Kooperation mit dem Programm INTERREG IV C sowie den drei Netzwerk-Programmen Urbact II, Interact II und ESPON.

Die Förderprogramme wurden von den EU-Mitglieds- und Nachbarstaaten gemeinsam aufgestellt und von der Kommission genehmigt. Antragsteller können öffentliche Stellen und ihnen gleichgestellte Institutionen sein; private Beteiligungen sind je nach Programm u.U. möglich. Anträge zur Kofinanzierung von Projekten können zu bestimmten, vorher angekündigten Fristen eingereicht werden: Richtlinien, Regeln und Bewertungskriterien werden in einem Aufruf (call) veröffentlicht. Gefördert werden Konsortien (Leadpartner und mehrere Partner aus mehreren EU-Ländern), die einen Teil der Projektkosten - je nach Programm mindestens 15 bis 50 Prozent - selbst aufbringen.