Das Bundesgesundheitsministerium beruft gemeinsam mit dem Bundesumweltministerium und den zuständigen obersten Landesbehörden die Mitglieder der Kommission für eine Sitzungsperiode von vier Jahren (Geschäftsordnung der Trinkwasserkommission).

Die Mitgliedschaft in der Trinkwasserkommission ist ehrenamtlich. Die Kommissionsmitglieder kommen aus universitären Einrichtungen, Landesbehörden, Gesundheitsämtern und Wasserversorgungsunternehmen. Außer den berufenen Mitgliedern nehmen an den Sitzungen auch die Vertreter des ⁠BMG⁠, des BMUG, des Bundesministeriums der Verteidigung (BMVg), des Eisenbahn-Bundesamtes und des ⁠UBA⁠ teil. Bei Bedarf lädt die Kommission zu bestimmten Themen weitere Sachverständige ein.

Die Trinkwasserkommission berät über aktuelle Fragen und Probleme der Trinkwasserhygiene und gibt hierzu Empfehlungen heraus, die insbesondere dem vorbeugenden Gesundheitsschutz verpflichtet sind. Die Empfehlungen der Trinkwasserkommission wenden sich vor allem an die Gesundheitsämter und Wasserversorger und dienen ihnen als Handlungsgrundlage – in Ergänzung und Erläuterung der Vorgaben der Trinkwasserverordnung.