Die TSE-Erkrankungen gehören nach wie vor zu einem Gebiet mit großem Forschungsbedarf. Unklarheiten bestehen in mehreren Bereichen. So ist die inzwischen zwar allgemein anerkannte Prionen-Theorie von Stanley Prusiner [4], wonach infektiöse Eiweißmoleküle die Auslöser der Krankheit darstellen, weitgehend akzeptiert, letztendlich jedoch noch nicht eindeutig bewiesen. Ebenso sind die Übertragungswege sowie die Replikations-Mechanismen teilweise immer noch ungeklärt. Die Bedeutung der TSE-Erreger für die Umwelt ist nach wie vor nur  rudimentär erforscht, da meist davon ausgegangen wird, dass hierbei ein zu vernachlässigendes Risiko besteht. Derartige Annahmen sind jedoch lediglich darauf zurückzuführen, dass zurzeit keine Nachweismethoden empfindlich genug sind bzw. waren, um eine Kontamination der Umwelt schlüssig nachzuweisen.