Das Dioxin-Referenzmessprogramm basiert auf einem Beschluss der 37. Umweltminister-konferenz vom 21./22. November 1991. Seinerzeit wurden Untersuchungen zur Verbesserung der Datenlage von Dioxinen in Boden, Wasser, Luft, Lebensmitteln und Futtermitteln, die Initiierung und Koordination zukünftiger Messprogramme des Bundes und der Länder, sowie eine zentrale Dokumentation und Auswertung von Ergebnissen gefordert. Zur Umsetzung wurde im Rahmen der Bund/Länder-Arbeitsgruppe DIOXINE u.a. vereinbart, bundesweit ein mehrjähriges Dioxin-Messprogramm durchzuführen. Die Beobachtung der Dioxin-Kontaminationen in der Umwelt über einen längeren Zeitraum sollte Trendaussagen ermöglichen. Insbesondere sollte festgestellt werden, wie sich die seinerzeit eingeleiteten Reduzierungsmaßnahmen bei Dioxinemissionen auf die Immission, die Dioxindeposition, die Kontamination von Futter- und Lebensmitteln und letztendlich auf die Muttermilch als letztes Glied der Nahrungskette für den Säugling auswirken. Mit dem Dioxin-Referenzmessprogramm wurde Mitte 1994 begonnen. Für einzelne Kompartimente (Luft, Kuhmilch und Frauenmilch) wurde bei der Auswertung auch auf ältere Daten bis zum Jahr 1989 zurückgegriffen. Dies ermöglicht es, den zeitlichen Verlauf der Dioxin-Kontamination auch über längere Zeiträume hinweg zu dokumentieren.