Im vorliegenden Handbuch und dem dazugehörigen Forschungsbericht wird ein methodisches Konzept für das Verfahren zur Auswahl der kosteneffizienten Maßnahmenkombinationen nach der WRRL einschließlich seiner exemplarischen Anwendung vorgestellt. Ausgangspunkt für die in diesem Vorhaben entwickelte Methodik ist die Bestandsaufnahme nach WRRL bis Ende 2004. Die Erfassung der Belastungssituation und der jeweiligen Verursacher führt zunächst zur Identifizierung potenzieller Maßnahmenkombinationen und unterstützender Instrumente. In einem anschließenden mehrstufigen Abwägungsprozess wird dann unter Berücksichtigung der ökologischen Wirksamkeit dieser Maßnahmenkombinationen, der Wahrscheinlichkeit der Zielerreichung bis 2015, des Zeithorizontes für deren Umsetzung  und einer Priorisierung mittels betriebswirtschaftlicher und volkswirtschaftlicher Kosten die kosteneffizienteste Kombination ermittelt. Diese Vorgehensweise stellt eine erste Empfehlung für die Entscheidungsebenen in der Wasserwirtschaft dar.