Die Randbedingungen für den Stofftransport sind für alle Schadstoffe spezifisch anzugeben (Abbildung 3.18, „Formular "Randbedingungen (Transport) - Obere Randbedingungen"“). Zur Wahl stehen konstante und variable Konzentrationsrandbedingungen für den Zustrom am „oberen“ Modellrand. Variable Konzentrationen können als Stufenfunktion in beliebiger zeitlicher Diskretisierung angegeben werden. Die Umrechnung auf die zeitliche Diskretisierung des Modells erfolgt automatisch, wobei drei verschiedene Optionen zur Verfügung stehen: (i) Interpolation - die Werte werden durch Interpolation zwischen den im Formular angegeben Stützstellen ermittelt, (ii) voriger Wert - es wird jeweils der Wert der vorigen Stützstelle zugeordnet, also der nächstfrüheren Stützstelle, (iii) nächster Wert - es wird jeweils der Wert der nächsten Stützstelle zugeordnet, also der nächstspäteren Stützstelle.
Die Eingaben können händisch gemacht werden oder durch Einlesen der Daten aus einer Datei.
Die Anfangsbedingungen sind (ebenfalls stoffspezifisch) als Stoffkonzentration in der Festphase oder in der wässrigen Phase festzulegen (Abbildung 3.18, „Formular "Randbedingungen (Transport) - Obere Randbedingungen"“). Hier können räumlich konstante oder variable Konzentrationen angegeben werden. Die Umrechnung auf die räumliche Diskretisierung des Modells erfolgt automatisch, wobei auch hier drei verschiedene Optionen zur Verfügung stehen.
Zusätzlich kann angegeben werden, ob sich das System zu Anfang im Gleichgewicht befindet oder nicht. Wird die Option „Ungleichgewicht“ gewählt, dann werden die Stoffkonzentrationen zum Simulationsbeginn nur in der jeweils gewählten Phase gesetzt. Wurde diesbezüglich die Option „Festphase“ gewählt, und ist die Boden- bzw. Gesteinsmatrix aus unterschiedlichen Lithokomponenten zusammengesetzt, dann sind die eingegebenen Werte als "mittlere Gesamtkonzentration" aufzufassen. Die tatsächlichen Stoffkonzentrationen innerhalb der einzelnen Lithokomponentenfraktionen werden vom Programm automatisch ermittelt. Zu beachten ist, dass die Intrapartikelporen ebenfalls zur Festphase zu zählen sind und sich hier ebenfalls Anfangskonzentrationen größer Null ergeben. Wird die Option „Gleichgewicht“ gewählt, dann werden die Konzentrationen in der jeweils anderen (d.h. im Formular nicht gewählten) Phase mit den im Formular angegebenen Anfangskonzentrationen der gewählten Phase ins Gleichgewicht gesetzt. Die anfangs in der Modellsäule enthaltene Massen der einzelnen Schadstoffe erhöhen sich dementsprechend.