Alle Flüsse in Deutschland sind von der Wasserkraftnutzung betroffen. Nur neun Prozent erreichen aber derzeit das angestrebte EU-Ziel im Gewässerschutz, den „guten ökologischen Zustand“. Der Aufstau ist mit gravierenden Wirkungen und Änderungen der Lebensräume verbunden. Die Fließgewässer sind für Tiere und Feststoffe nicht mehr durchgängig. Fische geraten häufig in die Turbinen und an Rechen. Ohne begleitende Maßnahmen wie der Errichtung von Fischwanderhilfen kann das zu negativen Auswirkungen auf die Fischpopulation führen.
Das technisch-wirtschaftliche und ökologisch sinnvoll nutzbare Potential ist zum größten Teil erschlossen. Deshalb ist der Neubau von Wasserkraftanlagen kritisch zu bewerten. Den Vorzug müssen die Modernisierung und die Leistungserhöhung an vorhandenen Standorten erhalten. Die Ziele des Gewässerschutzes und der Klimaschutz müssen immer abgewogen werden.
